לצורך מציאת טיפול ביולוגי לסרטן מותאם אישית עבורך, יש לזהות תחילה את השינויים שהתרחשו בתאי הגידול ואת השינויים הגנטיים העוברים בתורשה שגרמו להתפתחותו.
בדיקת Tempus xT (טמפוס) היא דוגמא לבדיקה שפותחה מתוך ההבנה שיש לבצע ריצוף מקיף של הדנ"א בגידול בהשוואה לרקמה תקינה של המטופל (באמצעות דגימת רוק או דם)1. השוואה בין המוטציות שנמצאו בגידול לבין אלו שנמצאו ברקמה תקינה מאפשרת 'למפות' באופן מדויק את המוטציות שרלוונטיות לשגשוג תאי הסרטן ובכך להתאים את הטיפול המיטבי.
בבדיקה נסרקים 648 גנים ברמת הדנ"א, אשר נבחרו בקפידה כקשורים ומעורבים במחלות סרטן השונות, הן בגידולים מוצקים והן בממאירויות המטולוגיות. ריצוף הדנ"א מתבצע בטכנולוגיה מתקדמת של Next Generation Sequencing NGS מסוג לכידה היברידית (Hybrid Capture). בדיקת Tempus xT מזהה את כל סוגי השינויים הגנומיים ויש להם חשיבות טיפולית: מוטציות נקודתיות (SNV) חסרים או תוספות לגן (InDels), שינוי במספר העותקים של הגן (Amplifications) ואיחויים (Fusions) ובכך מאתרת את מירב האפשרויות הטיפוליות המתאימות.
זיהוי שינויים גנומיים באמצעות בדיקת Tempus xT נמצא רגיש ומדויק במבחני תקפות שבוצעו לבדיקה1. ב- 98.2% הבדיקה תדווח על מוטציה נקודתית נכונה (רגישות) וב- 99.95% אי קיום מוטציה יהיה נכון (סגוליות).
בהתאם לממצאי הבדיקה, יתבצע פענוח מקיף ומדויק של הפרופיל הגנומי של הגידול ויופק דוח המפרט אם ואילו אפשרויות טיפוליות מתאימות קיימות.
בנוסף לריצוף הדנ"א, בדיקת Tempus xT משלבת ריצוף רנ"א מלא (RNAseq) של 23,000 גנים. ריצוף הרנ"א של Tempus xT, מספק מידע על המשמעות הביולוגית של השינויים שזוהו על ידי ריצוף הדנ"א ובמקביל מאפשר להוסיף מידע המכוון לטיפולים שלא ניתן לאתר בריצוף הדנ"א בלבד. שינויים שניתן לזהות על בסיס ריצוף הרנ"א בלבד כוללים איחויים חדשים בין גנים הניתנים לטיפול יעיל, כגון ALK ו- 2NTRK והכרת רמות הביטוי של עותקי הרנ"א של גנים הקשורים לסרטן 3,4.
במסגרת ריצוף הרנ"א ניתן גם לחזות את מקור הגידול הראשוני במקרים בהם אינו ידוע או אינו חד משמעי. חיזוי זה נעשה לפי חתימת הרנ"א הייחודית של הגידול הנבדק ונמצא מדויק ב- 90% מהמקרים במבחני התיקוף שלxT Tempus 5-7 .
כאמור, בדיקת Tempus xT משלבת השוואה לדגימה תקינה תואמת (matched normal), כאשר דם או הרוק של המטופל משמשים כייחוס. שיטה זו מאפשרת לזהות ברמת דיוק גבוהה יותר שינויים סומטיים אמיתיים המניעים את הגידול, ולכן מאפשרת בחירה משופרת של טיפולים ממוקדים כנגד שינויים ספציפיים אלו, שיעור נמוך של כוזבים חיוביים ומספר מופחת של שינויים עם משמעות לא ידועה (VUS)8. לאור ההשוואה לריצוף דגימה תקינה, הבדיקה גם מספקת מידע נוסף וחשוב על שינויים גנטיים העוברים בתורשה (נשאות גנטית) שזוהו אצל המטופל ורלוונטיים לטיפול בו, אך גם למשפחתו ומוגדרים כשינויים הקשורים לסיכון מוגבר לסוגים מסוימים של סרטן או תסמונות אחרות שאינן סרטניות9. שינויים אלו מדווחים בדו"ח התוצאות.
בדיקת Tempus xT מספקת מדדים חשובים לצורך הערכה האם טיפול אימונותרפי לסרטן הינה אופציה עבור המטופל הכוללים: אי יציבות גנומית (MSI) ועומס המוטציות (TMB) .10
במסגרת הבדיקה ניתן לבצע אנליזה נוספת הבודקת התאמה לטיפולים מסוג פארפ (PARP inhibitors) ו/או כימותרפיה מבוססת פלטינום. בדיקת זו נקראת Tempus xT including HRD והיא מתאימה במיוחד לגידולים עבורם מעכבי פארפ נמצאו יעילים כדוגמת סרטן שחלות11-14, סרטן הלבלב15, סרטן השד וסרטן הערמונית17 במסגרת הבדיקה נסרקים אזורים נרחבים בדנ"א שעברו איבוד העותק (האלל) הנוסף של הגן (LOH -loss of heterozygosity) בשילוב עם נתונים מקבילים ממאגר הנתונים של מעבדותTempus . הבדיקה עברה מבחן תקפות (ולידציה) אשר הוכיח את אמינותה הגבוהה ויכולתה בזיהוי התאמה לטיפול מסוג מעכב פארפ בצורה מדויקת 18.
דרישות חומר לבדיקה:
לבדיקת Tempus xT נדרשת דגימה מרקמת הגידול שנלקחה בביופסיה או בניתוח ונשמרה במכון הפתולוגי יחד עם דגימה תקינה (דם או רוק). במקרים של גידולים המטולוגיים, נלקחת דגימת דם או דגימת מח עצם לצורך ביצוע הבדיקה.
צוות אונקוטסט יסייע באיסוף הדגימות ושליחתן למעבדת Tempus בשיקגו, שם מתבצעת הבדיקה.
במידה ויתברר כי אין כמות מספיקה של רקמת גידול לבדיקה, או שאיכות הדנ"א שהופקה מרקמת הגידול אינה כזו המאפשרת מתן תוצאות מהימנות, הרופא המטפל עשוי להמליץ על ביצוע ביופסיה נוספת, או לחלופין להפנותך לבדיקת ריצוף פאנל גנים מביופסיה נוזלית כגון Guardant360.
תוצאות בדיקת Tempus xT - בדיקה גנומית למתמודדים עם מחלת הסרטן
תוצאות הבדיקה נשלחות לגורם המזמין (מטופל ורופא) לאחר שנסקרות ע"י צוות המדענים של מעבדת Tempus, ואושרו ע"י צוות הפתולוגיה. התוצאות כוללות התוויות טיפוליות עבור כל השינויים הפתוגנים (שינויים האחראים לצמיחת הגידול) שהתגלו בבדיקה בין אם סומטיים (נמצאים אך ורק ברקמת הגידול) או תורשתיים (מולדים), כמו גם ערכי עומס מוטציות (TMB) ו- MSI המראים התאמה לאימונותרפיה. הדוח מספק מידע על טיפולים רלוונטיים למטופל, החל מתרופות מאושרות FDA ועד למחקרים קליניים בסוג הסרטן של המטופל, או בסרטן אחר, כמו גם שינויים הקשורים לעמידות לטיפול מסוים.
התוצאות כוללות את האנליזות הבאות:
תוך שבועיים מיום הגעת הדגימה למעבדה בארה"ב:
- דו"ח ריצוף הדנ"א של דגימת הגידול בהשוואה לדגימה תקינה של המטופל.
- דו"ח תוצאת בדיקת חלבון ה- PD-L1 (במידת הצורך)
- מדד ה-HRD (Homologous Recombination Deficiency) כתוספת נפרדת לבדיקה אשר מאפשר בדיקה להתאמה למעכבי פארפ (PARP inhibitors).
בין שבועיים לחמישה שבועות מיום הגעת הדגימה לארה"ב:
- דו"ח רנ"א – אנליזת טרנסקריפטום (מחקרי) (מתקבלות תוך כחמישה שבועות מהגעת הדגימה למעבדה בארה"ב).
- דו"ח סביבת הגידול והתאמה לאימונותרפיה (מחקרי) והינו זמין לרופא המטפל בפורטל Tempus באמצעות שם משתמש וסיסמא. (מתקבלות תוך כחמישה שבועות מהגעת הדגימה למעבדה בארה"ב).
- אנליזת מקור הגידול (Tumor Origin) במצבים של מקור גידול ראשוני לא ידוע כתוספת נפרדת לבדיקה (מתקבלות תוך כחמישה שבועות מהגעת הדגימה למעבדה בארה"ב).
מקורות ספרות:
- Beaubier, N., et al., Integrated genomic profiling expands clinical options for patients with cancer. Nat Biotechnol. 2019 Nov;37(11):1351-1360
- Benayed, R. et al. High yield of RNA sequencing for targetable kinase fusions in lung adenocarcinomas with no driver alteration detected by DNA sequencing and low tumor mutation burden. Clin Cancer Res. 2019 Aug 1;25(15):4712-4722.
- Lau, D. et al. RNA Sequencing of the Tumor Microenvironment in Precision Cancer Immunotherapy. Trends in Cancer, March 2019, Vol. 5, No. 3.
- Rodon, J. et al. Genomic and transcriptomic profiling expands precision cancer medicine: the WINTHER trial. Nature Medicine 2019 May;25(5):751-758.
- Michuda, J. et al. Transcriptome-based cancer type prediction for tumors of unknown origin. ASCO 2019 (abstract 3081)
- Beaubier, N., et al., Integrated genomic profiling expands clinical options for patients with cancer. Nat Biotechnol. 2019 Nov;37(11):1351-1360
- Michuda, J. et al. Detailed and accurate diagnosis prediction for cancers of unknown primary. Virtual AACR. June 2020.
- Jones, S. et al. Personalized genomic analyses for cancer mutation discovery and interpretation. Science Translational Medicine, 2015. 7(283): p. 283ra53-283ra53.
- Kalia SS. et al. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med.2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
- T. Le, J.N. Uram, H. Wang, B.R. Bartlett et al. PD1 blockade in tumors with MMR‐D. N Engl J Med;372:2509‐20: 2015.
- Gonzalez-Martin, et al. “Niraparib in Patients with Newly Diagnosed Advanced Ovarian Cancer”. N Engl J Med 2019;381:2391-402 2.
- Swisher, et al. “Rucaparib in Relapsed, Platinum-Sensitive High-Grade Ovarian Carcinoma (ARIEL2 Part 1): An International, Multicentre, Open-Label, Phase 2 Trial”. The Lancet Oncology, Volume 18, Issue 1, 75-87 3.
- Mirza, et al. “Niraparib Maintenance Therapy in Platinum-Sensitive, Recurrent Ovarian Cancer”. N Engl J Med 2016; 375:2154-2164
- NCCN Guidelines Version 1.2020: Ovarian Cancer
- NCCN Guidelines Version 1.2020: Pancreatic Adenocarcinoma
- Brok WND et al. Homologous Recombination Deficiency in Breast Cancer: A Clinical Review. JCO Precision Oncology – published online June 19, 2017
- Sztupinszki Z et al. Prevalence of homologous recombination deficiency (HRD)-related signatures indicates that a wider range of prostate cancer patients may benefit from PARP-inhibitor therapy. Annals of Oncology ABSTRACTS MOLECULAR ANALYSIS FOR PERSONALISED THERAPY (MAP)|VOLUME 30, SUPPLEMENT 7, VII14, NOVEMBER 01, 2019
- Data on File. Tempus internal validation report May 22 2020.
אונקוטסט - רפואה מותאמת אישית למתמודדים עם מחלת הסרטן
שוחחו עם הרופא המטפל שלכם אודות בדיקה לפרופיל מולקולרי רחב לצורך קבלת החלטה מושכלת על אפשרויות טיפול העומדות לרשותך.
חברת אונקוטסט מציעה את הבדיקות הגנומיות המקיפות והמתקדמות לסרטן, ביניהן את בדיקת ה-Tempus xT ו-Tempus xT including HRD.
Tempus xT הינה בדיקה גנומית פורצת דרך על רקמת הגידול בהשוואה לדגימה מרקמה תקינה המיועדת לחולי סרטן בשלב מחלה מתקדם. המידע המתקבל מהבדיקה מאפשר לזהות את מירב השינויים שהתרחשו בתאי הגידול לכן יכול לסייע להגדלת אפשרויות הטיפוליות הקיימות.
לקבלת מידע נוסף ולשמוע איך בדיקת Tempus xT יכולה לסייע להתאים טיפול עבורך, ניתן ליצור קשר עם מוקד השירות של אונקוטסט, או להשאיר פרטים בטבלה מטה. טל' 3180* או 08-9556100, פקס. 08-9556101. דואר אלקטרוני: orders@oncotest.co.il
